但接着，“韩春雨”的名字又一次在各大媒体平台上如潮涌出。中国以及国外都有学者公开表示无法重复论文中描述的实验，这项研究成果遭到多方质疑。

2016年5月20日，原清华大学著名结构生物学教授颜宁，在微博上首先提出论文结果可重复性的问题。

2016年5月26日，“未名空间”论坛上出现了“纯从科学角度分析韩春雨的文章”的帖子，认为韩春雨的论文从Ago理论上看行不通。

2016年6月7日，“基因编辑技术的研究与应用”为主题的香山科学会议在北京香山饭店召开，韩春雨第一次作为受邀嘉宾参加了会议。他的科研报告第一次当面遭受到了同行的质疑。

2016年7月2日，韩春雨在百度贴吧“国际米兰吧”回复质疑，之后便停止在网络上发声，并开始拒绝采访。

2016年7月31日，来自澳大利亚、美国、西班牙等国的科学家在推特上指出，无法重复韩春雨NgAgo系统的基因编辑结果。

2016年10月12日，最先采访并极力赞扬过韩春雨科研成果的饶毅、邵峰两位教授，公开了他们此前一个月致河北科技大学校长的信件和收到的回函，他们以“推动科学共同体认真对待中国学术生态节点性事件”为由，希望认真仔细核实韩春雨的实验结果。对于收到的回函，饶毅认为“回复比较笼统，不清楚将有什么措施”。

2016年10月10日，曾经声称重复成功的魏文胜也推翻了自己的结论，由他组织和发起，来自中国科学院等科研院所的13位科学家通过两家媒体，实名发布声明，没能“重复”韩春雨的实验，呼吁第三方介入调查。